São estruturas muito raras construídas pela ação de bactérias. Sua composição pode variar, mas aqui na Restinga da Massambaba, são encontrados estromatólitos compostos por Dolomita. Os estromatólitos são a mais antiga evidência macroscópica de vida na Terra. Em poucos lugares do mundo podem ser observados ainda vivos. Assim, seu estudo pode favorecer entendimento da evolução da vida.